ImageJ是一款基于JAVA语言开发的科学图像处理软件，支持显示、编辑、分析和处理8位、16位、32位图像，兼容多种图像格式，并允许用户自定义插件和宏，极大扩展了软件的功能。它可以运行在Microsoft Windows、Mac OS、Mac OS X、Linux以及Sharp Zaurus PDA等多个平台上。ImageJ支持图像栈功能，允许在一个窗口中以多线程形式处理多个图像，并能根据内存限制处理任意数量的图像。除了基本的图像操作，如缩放、旋转、扭曲和平滑处理外，ImageJ还支持图像区域和像素统计、间距角度计算、柱状图和剖面图创建，以及傅里叶变换等高级功能。
功能特点
无处不在：ImageJ是用Java编写的，它允许在32位和64位模式下运行在Linux、Mac OS X和Windows上。
开放源代码：ImageJ及其Java源代码在公共领域中是免费的。无需许可证。
用户社区：IMAGEJ拥有一个庞大且知识渊博的全球用户社区。超过1700名用户和开发人员订阅了IMAGEJ邮件列表。
宏：使用宏自动执行任务并创建自定义工具。使用命令记录器生成宏代码，并使用宏调试器进行调试。IMAGEJ网站上有300多个宏可用。
插件：通过使用Image J的内置文本编辑器和Java编译器开发插件来扩展Image J。有500多个插件可用。
工具箱：使用ImageJ作为图像处理工具包（类库）来开发小程序、servlet或应用程序。
速度：Image J是世界上最快的纯Java图像处理程序。它可以在0.1秒内过滤2048x2048图像（*）。这是每秒4000万像素！
数据类型：8位灰度或索引颜色、16位无符号整数、32位浮点和RGB颜色。
文件格式：打开并将所有支持的数据类型保存为TIFF（未压缩）或原始数据。打开并保存gif、jpeg、bmp、png、pgm、fits和ascii。打开DICOM。使用URL打开TIFF、GIF、JPEGS、DICOM和原始数据。使用插件打开并保存许多其他格式。
图像显示：提供了缩放（1:32到32:1）和滚动图像的工具。所有的分析和处理功能都在任何放大系数下工作。
选择：创建矩形、椭圆形或不规则区域选择。创建线条和点选择。编辑选择并使用魔杖工具自动创建它们。绘制、填充、清除、过滤或测量选择。保存所选内容并将其传输到其他图像。
图像增强：支持8位灰度和RGB彩色图像的平滑、锐化、边缘检测、中值滤波和阈值处理。以交互方式调整8、16和32位图像的亮度和对比度。
几何运算：裁剪、缩放、调整大小和旋转。垂直或水平翻转。
分析：测量选择或整个图像的面积、平均值、标准偏差、最小值和最大值。测量长度和角度。使用真实世界的测量单位，如毫米。使用密度标准进行校准。生成柱状图和剖面图。
编辑：剪切、复制或粘贴图像或选定内容。使用AND、OR、XOR或“混合”模式粘贴。向图像添加文本、箭头、矩形、椭圆或多边形。
颜色处理：将32位彩色图像分割为RGB或HSV组件。将8位组件合并为彩色图像。将RGB图像转换为8位索引颜色。将伪调色板应用于灰度图像。
堆叠：在单个窗口中显示相关图像的“堆栈”。使用单个命令处理整个堆栈。以堆栈形式打开图像文件夹。将堆栈保存为多图像TIFF文件。
